孤獨癥需要與其他的廣泛性發育障礙以及其他兒童常見精神神經疾病進行鑒別

　　1.  阿斯伯格綜合征（ AS ）   阿斯伯格綜合征是廣泛性發育障礙的一種類型，患兒有社會交流障礙和重復刻板行為，但是在語言和認知能力方面發育正常，而且多數 AS 兒童可能在認知的某些方面表現為超常，尤其是對文字、地圖、統計表和火車時刻表的記憶方面。語言能力盡管正常，但是仍然可以發現 AS 兒童口頭語言存在異常，給人感覺為語言迂腐和過于正式而顯得像賣弄文字，動作笨拙是 AS 的一個特征，在學校難于和同學建立友誼關系，通常僅僅在學齡期才被發現。較容易與高功能孤獨癥混淆，鑒別要點是高功能孤獨癥兒童存在語言發育遲緩，而 AS 兒童沒有明顯的語言發育落后現象。

　　2.  廣泛性發育障礙未注明（ PDD-NOS ）   該診斷通常用于診斷那些輕型或不典型孤獨癥。

　　3. Rett 綜合征  Rett 綜合征僅見于女孩，患兒在早期發育正常，在大約 6-24 個月左右起病，病情發展通常經歷四個階段，早期起病停滯階段（ 6-18 月）、快速倒退階段（ 1-4 歲）、假性停滯階段（學前 - 學齡早期）和晚期運動衰退階段（ 5-15 歲）。在第一和第二階段出現孤獨癥樣表現，包括語言功能的喪失、特征性的手部刻板 " 洗手 " 動作、智力顯著倒退和過度通氣。但是該病患兒在第三四階段表現有較為明顯的神經系統癥狀和體征，例如肌張力減低、軀干共濟失調和失用、脊柱側突和后突，重癥患兒出現強直狀態，多數病例伴有癲癇發作。據此可與孤獨癥鑒別。

　　4.  兒童瓦解性精神障礙   瓦解性精神障礙又稱嬰兒癡呆或 Heller 綜合征，患兒在至少兩歲以前發育正常。之后出現明顯而迅速的語言、社交、游戲和適應能力倒退，大小便失禁等，早期發病者與孤獨癥的鑒別相當困難。

　　5.  兒童精神發育遲滯（ MR ）   部分 MR 兒童可以表現有孤獨癥樣癥狀，多數孤獨癥兒童亦表現精神發育遲滯?？梢愿鶕陋毎Y兒童的社交障礙、行為特征以及部分特別認知能力加以鑒別。

　　6.  兒童精神分裂癥   孤獨癥兒童的某些行為方式類似精神分裂癥，但是孤獨癥兒童不存在妄想和幻覺，鑒別不難。

　　7.  其他需要與孤獨癥鑒別的疾病還有注意缺陷多動障礙、嚴重學習障礙、選擇性緘默癥、感受性語言發育障礙等。